Ini adalah tahun ke-16 era Meiji. Lima tahun telah berlalu sejak Kenshin Himura menghentikan pemberontakan Makoto Shishio. Meskipun nyala api dari revolusi yang sedang berkembang telah padam, bekas luka yang tertinggal masih terasa di seluruh Jepang. Sisa-sisa kelompoknya — meski terpencar — masih ada. Beberapa telah menemukan kedamaian sementara yang lain terus berjuang. Setelah faksi yang tersisa mencoba menghidupkan kembali revolusi, pedang tua Shishio jatuh ke tangan Ashitarou Hasegawa, seorang anak yatim piatu yang tidak pernah mengenal rumah. Konflik juga membuat Aran Inoue, seorang anak laki-laki setengah Jepang berusia 16 tahun, setengah Amerika, dan seorang gadis tentara bayaran bernama Asahi Kubota dengan harga yang lumayan untuk dibayar, tidak punya tempat lain untuk pergi. Tapi untungnya bagi orang-orang ini, dojo Kamiya selalu menjadi tempat untuk menerima pengembara tanpa harus mengungkit masa lalu mereka.